至2023年4月左右，科技券的平均申請處理時間為5至6個月，提交申請後大約1個月便可獲得回覆。
在2022年疫情時，科技券的平均申請處理時間大約為6個月。先需要2個月等待回覆，若沒有大問題，一般再多4個月便可以批准科技券申請。
由於現在可以在申請後馬上展開科技券項目，這已較以往大大縮短等候時間。有部份較簡單的項目，甚至在獲批前已經完成。
在完成項目及付款後，申請公司亦要提供項目的核數報告，所以文件準備妥當及沒有問題的話，一般8星期左右便可發放配對基金資助。
科技券申請時間在疫情前若16星期
在2020年疫情發生之前，一般的科技券申請大約需要16周處理。可是疫情下創新科技署推行「在家工作」政策，導致科技券處理嚴重受阻，曾經試過有段時間需要等待9個月才有第一次的基本回應。最初疫情爆發不久，當局已經准許申請公司在提交後馬上展開；及後有鑑於遙距營商計劃的成功，創新及科技局在2021年6月委託生產力局成為科技券秘書處，處理個案的能力大幅提升。
申請科技券要注意現金流
綜觀而言，有不少朋友以為科技券資助75%開支，以味著只需準備項目成本的25%現金便可應付，這是忽視了整個項目的現金流實況。按《科技券常見問題》，申請者必需先完全支付項目費用並提交核數報告後，科技券計劃才會發放資助，即使有關項目很快可以完成，申請者都要按以上經驗評估完成付款及資助發放之間的現金真空期。簡單舉例，如果您的項目在一個月內完成，但由申請提交到獲發資助隨時可達8個月的時間，故此必需備有足夠的現金應付。
有一點亦要留意，就是科技券顧問收費，因部份科技券顧問會採用「按比例攤分」的收費模式，由15%至25%不等，這亦會影響申請公司的現金流狀況。(註：BizMagnet 科技券顧問則採取「固定收費」模式，不會瓜分客戶權益。)
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