根據BizMagnet科技券顧問在政府資助顧問行頭經驗，十個客戶九個第一條問題，並不是「我是否合符申請科技券資格?」，而是「你如何收費?」。在商言商，先了解事情是否符合成本效益，亦都十分自然合理。一般而言，科技券顧問收費方法有兩種，即是按資助比例收費及定額收費，我們在此簡單介紹一下兩種方法的情況。(利申：BizMagnet科技券顧問服務是定額收費的)
按資助比例收費
市面上較多科技券顧問採用「按資助百份比」模式收費，佣金比例由8%至25%不等，一般都會標榜「不成功不收費」。正如其名，這類科技券顧問服務的好處是如科技券申請失敗，申請企業不需負擔任何金錢上的成本(當然人力資源、時間、商業機會等成本是不能避免的)，故此企業很多時都會抱著「但求一試」的心態去申請資助，反正失敗好像沒有甚麼損失。另外因為申請成功顧問才有收入，機制上鼓勵顧問盡力完成工作，並且將資助最大化。
由於顧問費用以比例計算，資助額越高，顧問佣金亦越高，故此這種計算費用方法會令顧問儘力提高科技券項目規模，如果申請企業不熟識科技方案，容易被顧問遊說使用過多不必要的系統功能。短期一筆過費用因獲政府75%的資助，而不太明顯，但長遠的系統維護費用就需正價支付，對企業做成長遠負擔。
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定額收費
另一種常見的方法就是定額收費，可以是完全劃一固定金額，或按申請項目的工作量計算，不與資助金額掛鉤，一般由數千到三萬元也有。由於顧問費用獨立於申請項目，故此顧問沒有動機遊說客戶公司使用過多不必要的科技方案，接洽過程較直接及快速。很多企業在制度上未必容許按比例瓜分資助以支付顧問費用，定額收費對這類企業的會計帳目處理較為友善。
相對而言，獨立顧問不似「不成功不收費」的中介顧問般有結構性動機將資助最大化，因此十分需要在委託前有清晰的解釋，從而建立客戶對顧問的信任。BizMagnet科技券顧問服務的收費模式正是這種。
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慎選顧問供應商 莫貪便宜誠後悔
近年政府資助種類繁多，相關中介顧問公司猶如雨後春筍般開業，收費除了以上兩大類外，仍有各種花款。無論如何，欲申請的公司應慎選科技券顧問及供應商，BizMagnet有客戶曾因貪便宜，錯信不良科技供應商誘騙，以為有方法可以使用科技券免費獲得科技系統，在交付現金訂金後，被科技券供應商「獅子開大口」不停敲詐。請記著，正如任何有信譽的企業服務提供者一樣，科技券顧問與公司客戶應有正式合作協議，收費透明清楚，不應有隱含條款，更不應有秘密回佣等違法協定，以免「賠了夫人又折兵」。
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